陰離子酸殺菌劑作用迅速并能殺滅多種細菌。它們穩定性好，作用溫度范圍廣，并且不受水的硬度影響。殺菌操作可與酸清洗結合進行。這些殺菌劑對未加保護的金屬有腐蝕作用，在CIP設備中起泡太多，高pH時殺菌效果較差，價格也比鹵素殺菌劑高。陰離子酸殺菌劑的殺菌作用是通過表面活性劑的反應來實現的，即通過離子吸附并穿透帶正電荷的細菌細胞壁，破壞細胞功能。

　　過氧乙酸在乳業、飲料以及食品加工企業的CIP殺菌過程中受到越來越多的關注。這種殺菌劑具有快速、廣譜的殺菌效果，其原理是基于對細胞膜中組分的氧化反應。由于該方法比碘和氯殺菌劑的腐蝕性弱而減少了設備表面的坑點。過氧乙酸可用于酸清洗循環中以減少流出物放電，同時它它還是可生物降解的化合物。因為這種殺菌劑對酵母——如假絲酵母(Candida)、酵母菌(Saccharomyces)、漢遜氏酵母(Hansenula)和霉菌如青霉菌(Penicillium)、曲霉(Aspergillus)、毛霉(Mucor)和白地霉(Geotrichum)均有效，已獲準在軟飲料和啤酒工業中使用。過氧乙酸對鋁制酒桶滅菌效果很好。該殺菌劑用量在125～250ppm。這些殺菌劑的優點如下：

·對熱和有機物穩定，性質溫和，只要加熱過程中不超過100℃就不會降低使用效果。

·低泡性——適用于CIP設備。

·無選擇性，能殺滅各種細胞。

·可用于大多數食品處理表面（低毒性——遇水、氧氣和乙酸則分解）

·具有快速、廣譜殺菌效果（可殺滅細菌、酵母和霉菌）

·適用pH的范圍廣

·對生物膜有效

·殺菌與酸漂洗可同時進行。

　　缺點是成本高，有氣味，有刺激性，會腐蝕鐵和其它金屬，存在有機物時殺菌效果將會減弱，對酵母和霉菌的殺滅效果不如其它殺菌劑。