氣相、液相色譜樣品瓶清洗不徹底的潛在問題包括：

導致的分析物損失；溶劑與隔墊作用產生的色譜雜峰；自動進樣器的機械損壞；樣品降解；進樣重復性差等等。總之會出現(xiàn)因清洗后的色譜樣品瓶潔凈度達不到要求而導致實驗結果發(fā)生偏差的情況。按玻璃儀器洗滌方法根據(jù)污染程度選擇清洗方法，下面介紹五種清洗色譜樣品瓶方法：

第一種：酒精清洗

1、倒干色譜樣品瓶內試液。

2、全部浸入95%酒精，超聲洗2次后倒干，因為酒精易進入1.5mL的小瓶，且能與大多數(shù)有機溶劑互溶以達到。

3、倒入清水，超聲洗2次。

4、倒干瓶內洗液，于110攝氏度烘1~2小時，注意不能于高溫下烘烤。

5、冷卻，保存。

第二種：甲醇+超聲波清洗

1、先用甲醇（色譜純）浸泡，并超聲清洗20分鐘，后將甲醇倒干。

2、再將色譜樣品瓶內注滿水，超聲清洗20分鐘，后將水倒干。

3、后將色譜樣品瓶烘干。

第三種：純水+超聲+乙醇清洗

1、自來水沖洗幾遍。

2、放入倒有純水的燒杯中，超聲15分鐘。

3、換水，再超聲15分鐘。

4、泡在倒有無水乙醇的燒杯中。

5、然后取出自然風干。

第四種：過氧化氫+酒精清洗

1、一般都是先用清水沖洗烘干后再用強氧化氫洗液洗液浸泡。