抗原構造與分型：志賀氏菌屬細菌的抗原結構由菌體抗原（O）及表面抗原（K）組成。主要抗原有三種。
　　型特異性抗原：型多糖抗原為菌體抗原的一種，是光滑型菌株所含有的重要抗原。當菌株變為粗糙型時，此抗原也常隨之消失，各菌型所含的型抗原不同，可用于區別菌種的型別。

　　群特異性抗原：為光滑型菌株的次要抗原，也是菌體抗原的一種。特異性較低，常在數種近似的菌內出現。在福氏菌株中，由于所含群抗原不同，可將某些菌型分為多種亞型，如福氏菌2型，根據群抗原不同，可分成2a、2b兩個亞型。

　　表面抗原（K抗原）：在新分離的某些菌株菌體表面含有此種抗原。不耐熱，加熱100℃1小時即被破壞。具有此種抗原的菌株，可阻止菌體抗原與相應免疫血清發生凝集。

　　根據抗原構造的不同，按最新國際分類法，將本屬細菌分為四個群、39個血清型（包括亞型）

志賀氏菌屬抗原的分類

　　A群：也稱志賀氏菌群，有10個血清型。不發酵甘露醇，無鳥氨酸脫羧酶，與其他各群細菌無血清學聯系。

　　B群：也稱福氏菌群，已有13個血清型（包括亞型和變種）。最近又發現3個亞型（1c、4c、5b）。發酵甘露醇，無鳥氨酸脫羧酶。抗原結構較復雜，各型間有交叉凝集。每一福氏菌型具有二種抗原，即型特異性抗原和群抗原，前者只存在于同型菌株中，后者有許多種，存在于福氏各菌型中。例如福氏1b型除含有1型特異性抗原外，尚含有4、6群抗原。

　　C群：也稱鮑氏菌群，有15個血清型，分解甘露醇，無鳥氨酸脫羧酶。各型內無交叉凝集。

　　D群：也稱宋內氏菌群，僅有一個血清型。分解甘露醇，有鳥氨酸脫羧酶，遲緩發酵乳糖。有Ⅰ、Ⅱ相之分。