酸奶的變質主要是大腸桿菌和霉菌引起的，大腸桿菌編制的現象是產酸產氣，就是有明顯的漲氣和不正常的酸味產生；霉菌也是產氣但是不產酸，有一種類似橡膠的臭味；通常變質的酸奶都有不同程度的乳清析出，作為一個普通消費者這也可以作為正常酸奶是否變質的一個判斷手段。
如果是活菌酸奶在正常的低溫冷藏條件下最多可以保藏2周左右，如果超過這個時限建議不要就飲用了。