蒜苔貯藏中發生的病害，大體上可分為生理損傷和病菌侵染兩類。前者主要是因為貯藏期間的氣體成分等因素不適所致，后者為微生物侵入引起。發生生理損傷的蒜苔其生理生化過程發生障礙，代謝紊亂，抗病力大大降低，致病微生物極易侵入。微生物的繁殖生長又會破壞氣體組成，造成生理損傷。二者相互關聯，相互影響，蒜苔貯藏中的霉變腐爛多發生在貯藏中后期，這是因為隨著貯藏期的延長，蒜苔逐漸衰老，抗病力減弱，灰霉等病菌繁殖生長，發生霉變。若貯藏管理措施不當，會加速衰老進程，產生生理損傷，導致貯藏中后期腐爛霉變加重。控制蒜臺貯藏中后期霉變腐爛，應從以下幾方面著手。
　　1、摘好庫房消毒。蒜苔入庫前應對庫房進行徹底消毒，以清除往年留存的病原菌。
　　2、嚴把入貯質量關，盡量減少帶病帶菌蒜苔入庫。蒜苔收購前應對蒜苔產地進行調查，確保高質量的蒜苔入庫。
　　3、蒜苔防霉保鮮煙劑熏蒸。針對貯藏中后期引起蒜苔霉變病原菌特性的研究，科研人員開發出了效果良好的蒜苔防霉保鮮煙劑，建議蒜苔冷藏企業在加強綜合貯藏管理的基礎上，應用防霉保鮮煙劑熏蒸。
　　4、加強貯期綜合管理，保持最佳貯藏條件。只有這樣，才能延緩蒜苔的衰老，減少各種生理損傷（如CO2中毒），保持蒜苔健康的機體，抵抗各種病菌的侵入。
　　總之，防治蒜苔貯藏中后期的霉變，應著重從清除病原，確保蒜苔入貯質量、保持最佳貯藏條件、防霉保鮮煙劑熏蒸等方面考慮。措施不應單一，綜合防治才為上策。