一、生理病害貯藏期生理病的發生與果實采收期有密切關系，適時采收是防止該類病害發生的重要措施之一。蘋果苦痘病是缺鈣造成的，在果實采收后可用2～4%的氯化鈣溶液浸果，并注意入貯果實前期溫度不應過高，以避免該病的大量發生；蘋果虎皮病是因果實成熟度不夠而早采引起的，可在果實采收后，用500～1000PPM的卵磷脂液浸果，并盡快進入低溫條件貯存；果肉褐變是因低溫、缺氧和二氧化碳中毒造成，防止果肉褐變要抓好適期入貯，同時掌握貯存溫度及調節好氧氣(2～4%)和二氧化碳(3～5%)濃度。

二、真菌病害包括輪紋病、炭疽病、青霉病和霉心病等，因這幾種病害在果實生長發育也大量發生，故除在生長期加強防治外，在果實入庫前要嚴格選果，防止病蟲果入庫。防治輪紋病和炭疽病，采前噴50%多菌靈或50%甲基托布津800倍液，對兩病有較好的防治效果。貯藏前用500～1000倍50%多菌靈或800倍50%甲基托布津藥液浸泡果實，也可用仲丁胺藥或多功能保鮮紙包果。同時，貯藏期要適當降低貯藏室溫度，若用氣調，應適當提高二氧化碳濃度，降低氧的濃度。防治青霉病：①入貯前兩周對貯藏場所用硫磺熏蒸，每10立方米空間用硫磺100～200克，也可用50%福爾馬林500倍液噴灑消毒，每10立方米空間用0.5公斤藥液。②入貯前用500～1000倍甲基托布津或多菌靈浸果。③貯藏溫度應保持1～2攝氏度，并經常清除病果。防止蘋果霉心病，應在貯藏期保持5攝氏度以下的低溫。