霉菌毒素在家禽體內主要表現為三種不同作用模式：首先是減少細胞的蛋白質合成。細胞的蛋白質合成減少會導致胃腸道出現損傷，包括壞死、肌胃糜爛、出血和營養吸收不良等。其次是可導致家禽免疫力低下。第三是可改變大腦的神經化學特性，這主要是因為一些毒素具有藥理上的活性，可使大腦中的血清素區域性濃度升高，此變化可改變動物的行為，如采食量減少、肌肉協調性降低以及嗜睡增強。

想要控制飼料中霉菌毒素的含量，需要對各環節進行嚴格把關。一是對源頭進行控制。成功的控制體系始于良好的田間管理，實驗室研究和商業試驗的相關數據顯示，作物管理（如及時去除耕地表面的作物殘體）、田間輪作以及作物遺傳育種會對作物收割時的霉菌毒素含量產生顯著的影響。在作物生產中，合理的控制措施對于限制飼料原料受霉菌毒素污染十分重要。二是進行合理的保存。通過定期清理倉庫、嚴格控制室內溫度和濕度以及控制飼料的儲存時間，可把飼料中霉菌毒素的含量控制在最低水平。

對于已污染霉菌毒素的飼料要進行脫毒處理。清楚霉菌毒素的方法有三類。一是物理法，如添加霉菌毒素吸附法；挑選霉粒法，國內曾在花生仁及玉米粒試用，去毒效果較好；碾壓水洗，對糧粒較小的糧食，如玉米、小麥、小米等，毒素附著在糧粒的表面，可以用手搓和水洗的方式將毒素去除。二是化學法，如黃曲霉毒素一怕熱、二怕堿，在堿性條件下黃曲霉毒素B1可以轉化為可溶于水的香豆素鈉鹽，所以用2%的堿面浸泡后再用水認真漂洗，可以去掉黃曲霉毒素。三是高壓破壞、臭氧、微生物去毒等新方法。

目前最常見的是在飼料中添加霉菌毒素吸附劑的吸附法。但從經濟方面考慮，霉菌毒素吸附劑應該與其他預防和控制原料受霉菌毒素污染的措施相結合，而不能夠完全取代這些防控措施。