首先要進行徹底的清掃和清洗。對洪水淹過的畜禽舍要清除淤積的泥土、砂石、糞便、垃圾及各種污物。按照一定順序進行清掃和清洗，先從棚頂、后墻壁、再地面，從畜禽舍的遠端到門口，先室內后室外逐步進行，不留死角。經認真徹底清掃和清洗，不但可以清除大部分病原體，而且可以大大減少糞便、垃圾等有機物的數量，有利于化學消毒劑發揮作用。徹底清掃清洗后即可進行化學消毒。一般要求使用2~3種不同作用類型的消毒藥，進行2~3次消毒。

1.第一次消毒可用堿性消毒藥，如2%~3%的火堿或10%~20%的石灰乳，用來粉刷地面、天棚、墻壁等，用2%火堿水溶液還可用于噴灑消毒。

2.第二次消毒可用酚類（菌毒敵）或氧化劑（過氧乙酸）進行噴霧消毒。第三次用甲醛熏蒸消毒。事先計算好消毒舍的容積，每立方米用甲醛42毫升、高錳酸鉀21克，關閉門窗及通氣孔，舍內的溫度應在20℃左右，相對濕度70%以上，一般消毒24小時，而后打開門窗通風即可。

3.道路及運動場可用10%~20%漂白粉混懸液或干粉撒布；也可用1：200倍的復合酚噴灑；潮濕地面、糞池、糞堆及污水溝可撒布生石灰，干處撒生灰不起消毒作用，因生石灰遇水生成氫氧化鈣CaO+H2O=Ca（OH）2,即熟石灰，解離出氫氧離子產生消毒作用。石灰乳應現用現配，配好后宜當天用完。

二、水源及飲水的消毒

水井被洪水淹沒后，要先把井水淘凈，清除淤泥，待按體積每立方米水加入漂白粉6~10克，將井封閉6小時后再用；飲水消毒方法簡單，事先在另外的容器內調成稀釋液，然后放在飲水器或飲水槽內讓畜禽飲用。主要是選擇有效、安全且又無毒、無副作用及對產品中無殘留的消毒藥、一般常用消毒劑有：漂白粉，每升水中加0.3~1.5克；20%過氧乙酸每升水加1毫升；50%百毒殺，每升水加1~2毫升。