板藍根有清熱解毒、涼血止血等功效。其煎劑對革蘭氏陰性和陽性細菌都有抑制作用。根的丙酮提取物也有抑菌作用。板藍根治魚病，安全且效果也不錯。

一、防治草魚出血病。發病季節到來前1個月起，每半月投喂1個療程的板藍根、穿心蓮合劑，預防出血病有特效。具體做法是：第一天，按每100公斤魚用板藍根2.5公斤、穿心蓮1.5公斤加開水浸泡1小時，取汁加食鹽0.5公斤，然后拌入麥麩或玉米粉4公斤做成藥餌投喂；第二天取第一天留下的藥渣放鍋中加水煎1.5小時，取汁按第一天的方法再投喂1次。或者每100公斤魚每天用0.5公斤大黃、黃柏、黃芩、板藍根及0.5公斤食鹽拌飼投喂，連喂7天，防治草魚出血病。或者用板藍根70%，苦木30%按比例混合，每100公斤魚每月投藥餌2.5~5公斤，其中每用藥粉0.5公斤，加磺胺類藥物5~10克，連續投喂5~7天。

二、防治草魚細菌性爛鰓與腸炎并發病。先按每畝一米水深用生石灰15公斤全池遍灑，然后每畝一米水深用黃邊須根50克、板藍根100克，加水2.5公斤煎煮成藥湯，再用藥湯煮大米或稻谷喂魚，每天1次，連喂2天。病情嚴重者，連喂3~4次。

三、防治長吻魚危赤皮病、爛鰓病與腸炎病并發癥。每100公斤魚用板藍根、黃連、半枝蓮、穿心蓮、側耳根、茅草根、甘草汁100克按適當比例配伍煎汁，加入土霉素2克，均勻拌入飼料中投喂，每天1次，連喂5天，結合外用殺菌消毒藥物等可有效防治此病。

四、防治甲魚鰓腺炎病。用大青葉20PPM、板藍根40PPM水煎劑全池均勻潑灑，可有效防治甲魚鰓腺炎病；病情嚴重的甲魚注射復方大青葉和板藍根注射液，劑量為2毫升/公斤，每日2針，然后將其浸入60PPM的大青葉、板藍根合劑中(1：2)，療效顯著。