近年來水產養殖環境日趨惡化、病害頻發，抗生素濫用又會產生負面影響。微生態制劑和生物肥料以其天然、無毒、無副作用、無污染、無殘留和價廉、高效、安全可靠的優越性，正在被廣泛的應用和推廣，成為水產健康和高效養殖的一個新方向。

　　微生態制劑又稱益生素、活菌制劑、生菌劑等。目前在水產養殖中應用的微生態制劑均為有益菌，普遍被用作控制和改善養殖水體微生態環境的水質調節和用作促進生長的餌料添加。

　　使用微生態制劑調節水質有兩大功能：一是改良水質。微生態制劑中的有益菌進入水體后，發揮其氧化、氨化、反硝化、解磷、硫化、固氮等作用，迅速分解養殖動物的排泄物、殘存飼料、動植物殘骸等有機物，有效降低了水體氨氮和亞硝酸鹽濃度；有機物分解后的鹽類為單細胞藻類生長繁殖提供了營養，單細胞藻類的光合作用，又補充提高了水體的溶氧，構筑、維持了良好的生態水環境。二是防病。養殖水體中施放了微生態制劑的有益菌，其不僅競爭性排斥病原菌，維護水中微生物菌群的生態平衡，避免水生生物遭受致病菌的侵襲而發病，而且還可產生含有抗菌物質和多種免疫促進因子，活化機體的免疫系統，強化機體的應激反應，增強抵抗疾病能力和提高存活率。

　　生物肥料是一種新型的含有益微生物的高效復合肥料。水產養殖的專用生物肥料，一般由有機和無機營養物質、微量元素、有益菌群和生物素、肥料增效劑等復合組成。其既能培肥水體，促進魚、蝦、蟹的餌料生物大量繁殖生長，又能改善水質，減少病害，有效避免泛塘，促進魚、蝦、蟹迅速生長。有關試驗和使用表明，使用生物肥料養殖，其成本較傳統的碳銨、磷肥低，但養殖效果明顯優于傳統的碳銨、磷肥養殖模式。

　　水產養殖應用生物肥料具有四大優點：一是來肥效快，肥效持久。一般晴天上午使用，第二天即會產生水色變化，正常情況下肥效可達十天左右。培肥的水色以硅、裸、隱、金藻和輪蟲等餌料價值高的藻類為主，水色以黃綠至黃褐色為主，與傳統化肥的墨綠色、藍綠色的水色有明顯區別。二是調節水質，改善底質。生物肥料中所含的微量元素除供給水生生物直接利用外，還可與水體底質中某些有害物質結合，解除其毒性，減少對養殖魚、蝦、蟹的毒害。同時通過在肥料中有益微生物的作用，可降低水體中的懸浮物及降解氨氮、硫化氫、亞硝酸鹽等，對調節水質、改善底質也有很好的作用。三是增加溶氧，減少浮頭和泛塘。除水質調節能提高水體的溶氧外，生物肥料中的生物素可提高藻類的新陳代謝，增強光合作用效率，合成較多的有機物和產生氧氣，有效地避免缺氧現象。四是提高免疫能力，預防疾病。