辣椒是需要肥料較多、吸肥量較大的一種作物。據有關研究結果，生產2000公斤辣椒需要吸收氮10.38～11.60公斤， 磷 1.16～2.20公斤，鉀12.92～14.80公斤。試驗證明，對辣椒施肥應適量多施氮，其次是鉀，磷可少施。氮多、鉀中、磷少的施肥方案，比氮磷鉀等比的增產24.9％，比氮中、磷少、鉀多的增產26.8％。

科學合理的施肥方法，首先要測定土壤中的各種有效養分含量，算出土壤可供養分量；再將獲得一定產量的辣椒所需吸收的養分含量，減去土壤可供養分量；最后根據不同肥料的養分含量及其吸收利用率計算出氮磷鉀肥所需施用量。這就是較為先進的測土配方施肥。沒有條件測土，又極少農家肥的地方，要獲得辣椒高產，我們建議一般每畝應施氮磷鉀復合肥50～60公斤，鈣鎂磷肥50公斤左右，尿素15～25公斤，硫酸鉀或氯化鉀10～20公斤(或草木灰 200公斤)。具體施肥量依據土壤肥力增減。其中鈣鎂磷肥遲效，在土壤中移動性差，又極易被土壤固定，應全部作基肥，并集中溝施。尿素易燒根又容易流失只能少量 (一般5公斤／畝)作基肥。鉀肥也很容易流失，而且辣椒結果期大量吸收鉀，鉀肥可促進果實膨大，所以鉀肥主要在結果期作追肥用。復合肥多用作基肥。若是地膜覆蓋栽培，總量的80％以上作基肥；不蓋地膜的保肥性好的黏性土50％～60％作基肥，漏肥的沙性土30％～40％作基肥。

除氮磷鉀外，辣椒還需要多種營養元素。農家有機肥養分完全，還可以改良土壤，所以種辣椒施用農家肥好。沒有農家肥的，可購買生物有機肥，它所含的活性菌有固氮、解磷、解鉀作用，即把空氣中的游離氮固定于土壤中，把土壤中作物不能利用的磷、鉀轉化為可利用態，肥效高，無污染，施用后作物病蟲害減少，產量和品質提高，如果完全用化肥種辣椒，除常規施肥外，還需葉面噴肥，主要是補充它需要的硼、鋅、鐵、銅等微量元素，可選用高產寶、噴施寶、植物動力2003、廣增素等葉面肥，噴施3次，一般增產15％以上。