棉花出苗后長出3片真葉時就要進行定苗。早間苗、定苗，不僅能防止因播種量大造成株間擁擠而形成高腳苗，同時能減少養分消耗，是生產上提倡的一項栽培管理措施。但是往往由于定苗過早，受病蟲害和不良氣候的影響而出現死苗，造成缺苗斷壟，得不償失。因為棉花3葉期是棉花一生中生活力最脆弱的時期，這時棉花次生根雖已長出，但尚不發達，棉苗營養主要來源之一——兩片子葉的養分供應能力基本消失，此時又正處于5月下旬，是棉苗病害尤其是早發枯萎病的高發期和地老虎、棉蚜、盲椿象發生盛期。因此，對重病地、抗病能力較差的品種，以及地老虎發生較重的黏重土壤，在做好病蟲害防治的同時，應適當晚定苗，以解決缺苗斷壟之憂。

棉花定苗，牽扯到的另一個問題，就是如何做到合理密植，這是提高棉花產量、節本增效的一項重要措施。棉花的密度應根據不同地區、不同肥力水平、不同種植形式、不同品種特性以及種植習慣 （經驗）來確定。如果你確定的留苗株數，在你的管理水平下遇到雨水大的年份不過密、干旱年份又不過稀，就達到合理密植的標準了。這要憑借經驗和對天氣的預測來實現。

就棉區而言，沒有固定的留苗株數，只有適宜范圍，如長江中下游棉區一般每畝留苗1300~1800株，黃河流域棉區在常規整枝情況下，一般每畝留苗3000~4000株。究竟畝留苗多少株，要根據地力條件、管理水平而定。肥力較高的、大株型品種、簡化整枝栽培、間作套種要適當少留苗；地力較差、緊湊早熟品種（夏棉畝留苗宜在5000~6000株）、傳統精細整枝方式以及植棉經驗豐富的可適當多留苗。另外有經驗的棉農可根據后期棉花株高來確定留苗株數，在常規整枝栽培下，一般株高100~120厘米，每畝留苗3000~3500株；株高80~100厘米，每畝留苗3500~4000株；株高70~80厘米，每畝留苗4000~5000株；株高在70厘米以下，每畝留苗6000株左右。