一、濕害　濕害以井窖發生較多，貯藏初期，外界氣溫高，薯塊呼吸旺盛，薯堆內水汽上升，在薯堆表面冷時凝結成水珠，薯塊受濕害而腐爛。

二、干害　干害是由于窖內濕度低，薯塊細胞原生質失水，造成生理萎縮，引起酶的活動失常，容易糠心或潰爛。

三、凍害　凍害是指溫度降到-1℃～-2℃時，薯塊內部細胞間隙結冰，使組織破壞而發生。

四、冷害　冷害即是指薯塊長期處于9℃以下，鉀離子外滲，不能保持細胞正常濃度，薯塊新陳代謝活動受到破壞。一般是由于收獲晚，或收獲后不及時運回貯藏放在地里過夜而受冷空氣侵襲。另一原因是薯窖保溫或保管不善而受冷害，根據試驗一般造成冷害的溫度和時間是窖溫8℃～9℃為10天，窖溫5℃～6℃為6天，2℃～3℃為3天，都可給薯塊造成冷害。

五、病害　甘薯在貯藏期造成的病害主要有干腐病、軟腐病、黑斑病和線蟲病。舊窖未經徹底消毒處理，貯藏期間管理不善等等都會引起病害的發生和蔓延。在貯藏前可用硫黃熏窖或用甲醛與高錳酸鉀混合液密閉熏蒸。

六、缺氧　井窖由于封窖過早或薯塊貯存量過大，使窖內氧氣減少，二氧化碳增多，當二氧化碳濃度達4%～5%時，甘薯呼吸作用受到抑制，使薯塊缺氧而造成腐爛。

另外，貯藏過程中如發現有病斑、裂口、破皮的甘薯，應及時揀出處理。