施肥量及施肥時期確定后，必須有合理的施肥方法，應注意有機肥和無機肥、三要素的配合施用。施于深層(中層)或集中施于根際，以充分利用肥料資源，避免肥料損失，提高肥效，降低成本。
具體施用方法，因品種，茬口及地區間氣候，土壤的差異，對產量構成因素的主攻方向不同而不同，茲將三省常用的施肥法簡介于后。
  1．前促施肥法 在施足底肥的基礎上，早施、重施分蘗肥，使稻田在水稻生長前期有豐富的速效養分，特別是氮肥，以促進分蘗的早生快發，確保增蘗多穗。一般底肥用量占總用量的70％(氮肥用量占總氮量的60～80％)，其余30％的肥料在移栽返青后全部施下。此法是云南省目前普遍采用的高產施肥法，因該省水稻生長期間降雨集中，肥料易流失。常出現低溫少照，影響水稻對養分的吸收利用。重施底肥又以農家肥為主，肥效穩長，結合早施蘗肥，使水稻平穩生長，提高有效分蘗率，并使水稻又能在幼穗分化前將施下的肥料大部分吸收利用，有利碳氮代謝轉換，不致延長營養生長期，避免抽穗揚花期遇低溫冷害和貪青晚熟。在四川，貴州主要用于生育期短的品種或施肥水平不高及前期溫度較低、肥效發揮較慢的地區和稻田，以及雙季早稻田。
  2．前促，中控，后補法 即在施足底肥的基礎上，早施蘗肥確保一定穗數，當分蘗達到一定數量后，通過曬田抑制對氮素的吸收，從而抑制無效分蘗，避免過早封行，爭取壯稈大穗，如復水后有脫肥現象，可酌施穗肥和粒肥，有利穩庫增源。這是四川、貴州一季中稻，特別是早中熟雜交稻目前采用的主要高產施肥法。云南省的麥后稻田，因供氮規律呈平穩上升狀態，供氮高峰一般出現在孕穗抽穗階段，且不如豆田明顯，故也多采用此法。
  3.前穩、中促，后保法 在適量施用基肥、蘗肥達到前穩的基礎上，增加穗肥主要是“促花肥”，再看苗補施“保花肥”，在保證足夠穗數基礎上主攻大穗、粒重。在云南海拔1600～1800米，年均溫15.7℃，水稻生育期間月平均20℃多一點的地區，特別是前作蠶豆的稻田采用此法，不僅單產高達600于克，且葉稻瘟發病率降低。在四川、貴州此法適用于生育期較長的品種或溫暖地區及沙泥田中的中熟中稻，以及密度大和肥料不足的稻田。
  4．底肥“一道清”的施肥法 即是將全部肥料于整田時一次施下使土肥充分混合的全層施肥法。適用于粘土，重壤土等保肥力較強的稻田，并且要肥源充足。據多年多點大面積試驗示范結果，比底肥加蘗肥和底肥加穗肥的稻株吸氮率增加，分蘗快，成穗多，長相好，行間透光率高，增產3.6～17.9％。
  上述幾種施肥方法，各有其適宜條件。但從水稻生育特點和對肥料的需求考慮，以分期分段施用更有利全面改善各產量構成因素，協調穗、粒矛盾，使“源”、“庫”、“流”都充分發展。
此外，在考慮施肥方法時還要注意采用行之有效的措施，如深層施肥、蘸秧根、塞秧窩，球肥深施、葉面施肥等都是能減少肥料流失，提高肥料利用率的經濟施肥法。