寄生在菇木上的雜菌種類很多，常見的有木霉、裂褶菌、樺褶孔菌、鱗皮扇菌等。在害蟲方面有害鮮菇的蛞蝓、蝸牛、馬陸等，有害菇木的天牛幼蟲、小蠹蟲和白蟻等。

    在防治上應貫徹“預防為主，綜合防治”的方針，加強菇場在菇木的科學管理，創造一個有利香菇生長，而不利雜菌、害蟲發生的環境。做到防患于未然，一旦發生則及時撲滅。菇木上的雜菌，可用小刀刮除，或涂2%石灰水。對蝸牛、蛞蝓等害蟲，可于清晨或傍晚進行人工捕殺。對白蟻可用亞砒酸（亞砷酸、砒霜、信石）60%、滑石粉40%；或亞砒酸46%、水揚酸15%、氧化鐵5%的混合藥粉撒施在蟻道、蟻巢上防治。袋栽的病蟲害防治：

    常見的雜菌有木霉、青霉、毛霉、根霉、曲霉、鏈霉等。

    常見的害蟲有蛞蝓、跳蟲、白蟻等。

    對雜菌的防治應采取綜合防治的措施，除應注意原料與菌種的選擇，場地、用具的消毒外，在栽培還應采取：①培養料先經堆制發酵，利用多種高溫型微生物所產生的生物熱殺死害蟲和中低溫菌類，減少污染源。②快速裝袋滅菌。配制后的培養偏酸性，適于各種微生物生長與繁殖，所以應盡量在5小時內裝完畢，滅菌時要求在4—6小時使溫度上升到100℃。③培養室降溫、通風，可以減少雜菌污染，提高接種成品率。如要防止木霉的污染，可把接種后的菌袋先在16℃下培養，這時香菇菌絲可以生長，而木霉的孢子難以萌發，菌絲生長緩慢（木霉菌絲生長最適溫度為25—30℃），待香菇菌絲體在培養料表面生長到一定程度后，再逐步提高溫度，最后在25℃下培養到菌絲體長滿全袋。如一開始就在25℃下培養，有利木霉菌絲的生長，則雜菌污染率就高。④局部污染的菌袋，可注射20%甲醛溶液或5%石碳酸，以控制污染點的擴散。對蛞蝓、白蟻的防治，可參照段木栽培的防治方法進行。對跳蟲的防治，在出菇期可用0.1敵敵畏拌少量蜂蜜誘殺，或用0.1%魚藤精或150—200倍除蟲菊液噴灑。