紫斑病是洋蔥生產上的重要病害之一，主要危害葉和花梗，在洋蔥儲藏期間還會侵害鱗莖。病部先出現水浸狀白點，之后擴大，呈橢圓形或紡錘形，由淡褐色逐漸變為灰褐色或灰紫色，中部稍凹陷，周圍有黃色暈圈，濕度大時病部產生同心輪紋狀排列的灰黑色霉狀物（病菌分生孢子梗和分生孢子），病斑上部組織常壞死或折斷。儲運中的洋蔥，常從蔥頭頂部開始發病，潮濕時腐爛。

洋蔥紫斑病屬真菌性病害，病菌在南方溫暖地區可以分生孢子周年危害，在北方寒冷地區以菌絲體在寄主體內或隨病殘體在土中越冬，次年條件適宜時產生分生孢子，通過氣流或雨水傳播。病菌從植株氣孔或傷口侵入，也可以直接穿透表皮侵入，發病后病部產生分生孢子進行再侵染。發病最適溫度為25～27℃，12℃以下不發病。病菌萌發和侵入需要有雨水或露水，雨水多、結露時間長、霧大發病重。病田連作、低洼地、澆水過多、肥料不足、生長不良、害蟲造成的傷口多，發病也重。

洋蔥生長期間發生紫斑病，應及時摘除病葉，帶出田外深埋，并在發病初期選用58％甲霜·錳鋅可濕性粉劑或殺毒礬64% 霉·錳鋅可濕性粉劑500倍液，或50％異菌脲可濕性粉劑1500倍液，或75％百菌清可濕性粉劑500～600倍液噴霧，每隔7～10天一次，連續防治3～4次，注意交替用藥。每10公斤藥液中加入5～10克中性洗衣粉，可以增加藥液的黏著性。為防止紫斑病在儲藏期繼續危害，洋蔥應掌握在蔥頭頂部成熟后收獲，晾至鱗莖外部干燥后儲藏，窖溫控制在0℃，相對濕度控制在65％以下。

預防洋蔥紫斑病，應加強管理培育壯苗，增強植株抗病能力。播種期以9月下旬至10月上中旬為宜，選擇土壤疏松肥沃、保水能力強的田塊育苗，選擇地勢高燥、土壤肥沃、易排水的田塊定植。施足有機肥，增施磷鉀肥。另外，洋蔥種子也會帶菌，播前可用50℃溫水燙種，消滅菌源。