光合細菌中的活菌形態微細，比重小，若直接消毒養殖水體，活菌不易降到池塘底部，無法起到良好的改善底質環境的效果。建議全池潑灑光合細菌消毒時，可以和顆粒型底改劑合用，這樣既能將活菌迅速沉降到底部，吸附有害元素，又可以起到降低池塘亞硝酸鹽、氨氮、硫化氫等有害物質的作用。

使用光合細菌的適宜水溫為15～40℃，最適宜水溫為26～36℃，因而應在水溫20℃以上時使用，陰雨天勿用。

光合細菌與有機肥或無機肥混合使用效果明顯，并可以防止藻類老化造成的水質變壞。視水質具體情況采取相應的解決方法，水質肥時施用光合細菌可促進有機污染物的轉化，避免水體有害物質積累，改善水體環境和培育天然飼料，保持水體溶解氧；水質較瘦時首先施用生物有機肥肥水，再施用光合細菌改良水質，這樣有利于保持菌種在水體中的活力和繁殖優勢，降低使用成本。此外，酸性水體不利于光合細菌菌種的生長，使用前先施用生石灰消毒，3～4天后待池水的pH值提高后再使用光合細菌。

避免與消毒劑混合使用。使用消毒劑后5天才能使用光合細菌，可有效抑制有害菌的生長。