主要發生于葉柄基部或莖上。先出現水浸狀、淡褐色紡錘形或不規則形凹陷斑，然后呈濕腐狀，變黑發臭，只殘留表皮。病原細菌在土壤中越冬，從傷口侵入，借雨水或灌溉水傳播蔓延。濕度大時發病重，有時和凍害或其他病害混發。

防治措施：實行3年以上輪作；移栽、松土或鋤草時避免傷根；雨后及時排水；發現病株及時挖除，并撒入石灰消毒；發病期減少澆水或暫停澆水；發病初期用72%農用硫酸鏈霉素3000倍液噴霧防治，隔7～10天噴1次，連續防治2～3次。

二、西芹斑枯病

主要危害葉片。剛開始發病的時候，葉片病斑呈圓形或不規則形，邊緣明顯，黃褐色，中央灰白色，上散生黑色小點。冷涼、高濕、多雨或植株衰弱時發病重。

防治措施：加強田間管理，施足底肥，合理追肥，增強植株抗病力；要注意降溫排濕，縮小晝夜溫差，減少結露，不要用大水漫灌，可采用膜下暗灌；發病時，可以噴撒5%百菌清粉塵劑，每畝每次1公斤，也可以噴75%百菌清可濕性粉劑600倍液、60%琥·乙膦鋁可濕性粉劑500倍液、47%加瑞農可濕性粉劑500倍液，隔7～10天1次，連續防治2～3次。

三、西芹菌核病

主要危害芹菜莖、葉。受害部初呈褐色水浸狀，濕度大時形成軟腐，表面生出白色菌絲，后形成鼠糞狀黑色菌核。菌核萌發溫度5℃～20℃，15℃最適宜，相對濕度85%以上時該病易發生和流行。

防治措施：實行3年輪作；發病初期噴灑50%速克靈或50%撲海因或70%甲基托布津可濕性粉劑600倍液或50%多菌靈可濕性粉劑500倍液。發病后噴撒5%百菌清粉塵劑，每畝每次1公斤。

四、西芹病毒病

芹菜全株都可以染病毒病。初期葉片皺縮，呈濃、淡綠色斑駁或黃色斑塊，表現為明顯的黃斑花葉。嚴重時全株葉片皺縮不長或黃化、矮縮。病毒在田間主要通過蚜蟲傳播，也可通過人工操作接觸摩擦傳毒。栽培管理條件差、干旱，蚜蟲數量多發病重。

防治措施：做好蚜蟲的防治工作，可用黃板誘殺；加強肥水管理，促進植株生長健壯，提高植株抗病力；進行葉面噴肥，也可提高耐病性；發病初期噴灑1.5%植病靈乳劑1000倍液或20%病毒A可濕性粉劑500倍液。