生物殺蟲劑殺蟲機理有別于化學農藥，一般要經過侵染寄生、積蓄繁殖、起效胃毒等環節才能發揮作用。在施用時，要抓住卵孵化盛期或幼蟲低齡期用藥。既能使藥劑浸入蟲卵或附在卵殼上，待幼蟲孵化時染病而死，又能保證害蟲取食后死亡。

另外，生物殺蟲劑多具有“活性”，施藥環境和使用方法的正確與否都是其發揮良好防效的關鍵。如施用蘇云金桿殺蟲劑時，一般宜選擇暖濕天氣的傍晚或陰天施藥，并嚴禁與殺菌劑、堿性農藥同期或復配使用。不宜久置擱放、應現配現用，以免降低藥效。