作物病害主要包括真菌性病害、病毒性病害與細菌性病害。缺素癥又稱生理性病害，是作物缺乏某種營養元素所表現出的特異癥狀。一般來說，二者在外觀上差異較大，但有時病害與缺素癥在外觀表現上會很相似，特別是在發病初期，這樣對病害防治帶來一定困難。在這種情況下，可從以下三個方面進行鑒別：

一看病癥發生發展的過程。作物病害具有傳染性。因此，病害的發生一般具有明顯的發病中心，然后迅速向四周擴散，通常成片發生。而缺素癥一般無發病中心，以散發為多。

二看病癥與土壤的關系。作物病害與土壤類型、特性大多無特殊關系。無論何種土壤類型，如有病源，都可在氮肥施用量偏高而又不注意磷鉀肥配合施用的田塊發生。作物缺素癥的出現與土壤類型、特性有明顯關系，如北方土壤pH值偏高，不易缺鉬；而南方酸性土壤則易缺乏此種元素。不同營養水平的土壤，都可發生某種或某些缺素癥，但瘠薄土壤多發。

三看病癥與天氣的關系。作物病害一般在陰天、濕度大的天氣多發或重發，植株群體郁蔽時更易發生。缺素癥與地上部空氣濕度關系不大。但土壤長期滯水或干旱可促發某些缺素癥，如植株長期滯水可導致缺鉀；土壤含水量不穩定，忽高忽低，容易引發缺鈣。