施入硝酸銨后生成的硝酸和硝酸鹽類，不易被土壤膠體吸附，易隨水流動，特別在水田施用，氮流失會比旱地大。另外，在厭氧環境如水田土壤中，硝酸根易下滲至水田還原層，可在反硝化細菌作用下生成氨氣或一氧化氮等，造成脫氮損失。若要施用，也應在水稻吸肥量大時和對硝態氮利用率高的幼穗形成期或分蘗盛期施用，施用時要注意水分管理，淺水3厘米左右施肥，施后使其自然落干，以后再灌水。