種鼠可由外單位引入，也可由本單位自己保種。引種小鼠必須遺傳背景明確，來源清楚，有完整的資料，包括種群名稱、來源、遺傳基因特點及主要生物學特性等。
進入生產的種鼠要經過挑選，即選種。選種在小鼠離乳時進行初選，種鼠應符合該品系的遺傳學特征，無變異。雙親體質健康無疾病，活力強。初選時按健康標準一般選留2～5胎的仔鼠，適當延長哺乳期到23天，然后雌雄分開。同時做好記錄。在育成期中出現異常者應立即淘汰，同時應適當控制營養，以防種鼠過度肥胖，影響配種。配種前按健康標準和生殖器情況進行定選。小鼠初配的適齡期為60～90天。應選擇體質強壯、活潑、被毛緊披而有光澤、尾肥嫩粉紅血管明顯、眼鼻無異物、無外傷腫脹潰爛、外生殖器發育良好、生長發育正常的小鼠作為種鼠。