（1）復性效率低。傳統的復性方法稀釋法和透析法。稀釋復性法對樣品幾十倍，甚至上百倍的稀釋會使樣品的體積急劇增大，給后續的分離純化帶來很大的困難，而且復性過程中需要較大的復性容器。透析法耗時較長，而且要多次更換透析溶液。這兩種方法的共同缺點是蛋白質在復性過程中會發生聚集而產生大量沉淀，復性效率低，通常蛋白質的活性回收率只有5~20%，而且復性后的蛋白質溶液中含有大量的雜蛋白，需要進行進一步的分離純化。
（2）工藝路線煩瑣，生產周期長。在傳統的重組蛋白質分離純化工藝中，大多采用經典的軟凝膠分離介質，由于這種介質的顆粒較大，分離效率較差，因此常常需要采用多種不同模式的色譜操作聯用對目標蛋白質進行純化，才能得到純度符合一定標準的目標蛋白質。另外，這種色譜介質的耐壓性很差，只能在流速較低的情況下進行操作，分離純化時間較長。分離純化步驟多和分離時間長使得蛋白質的質量回收率和活性回收率很低。而且在傳統的重組蛋白質生產工藝中，蛋白質的復性和純化是生產過程中兩個獨立的單元操作，也在很大程度上制約著生產效率。
（3）生產成本高，設備投資大。由于復性和分離純化分別單獨進行，而且分離純化步驟多，每一步都需要有與之配套的設備，致使設備投資大，生產成本高。隨著生產規模的增加，這種弊端會愈來愈嚴重。