發酵工程是指采用工程技術手段，利用生物，主要是微生物的某些功能，為人類生產有用的生物產品，或直接用微生物參與控制某些地生產過程的一種技術。人們熟知的利用酵菌發酵制造啤酒、果酒、工業酒精、利用乳酸菌發酵制造奶酪和酸牛奶、利用真菌大規模生產青霉素等都是這方面的例子。隨著科學技術的進步，發酵技術精了很大的朋，并且已經進入能以為控制和改造微生物，使這些微生物為人類生產產品的現代發酵工程階段。現代發酵工程作為現代生物技術的一個重要組成部分，具有廣闊的前景。例如，利用DNA重組技術有目的地改造原有的菌種并且提高其產量；利用微生物發酵生產藥品，如人的胰島素、干擾素和生長激素等。