一般在動物體中正常狀態下形成的寄生微生物區系，隨著寄主機能狀態或環境等的改變，可被完全不同的區系所取代，此時新出現的這個區系一般就稱為次生微生物區系。在自然界中，如土壤等一些環境中，已成為頂極的某種微生物區系，演替成其他區系的現象是常見的，但在高等動物組織中，為了體內穩定homeostasis），可維持一定的寄生微生物區系。不過在乳兒和雜食的成年人的體中此區系則多少有些不同。另外在患急性細菌性消化道疾病（霍亂、痢疾等）時，而原來以大腸桿菌為主的正常微生物區系可被病原菌所取代。作為次生微生物區系，最近被注意的是慢性重癥和細菌區系交替現象。