著絲粒距離 centromere distance 指在染色體圖上某基因與著絲粒之間的距離。在子囊胞子成直線排列于子囊內的某種鏈孢菌中，因為由減數第二次分裂所產生的子細胞排列在子囊的一端，所以，根據四分體分析可以區別減數第一次分裂分離和減數第二次分裂分離。就以 和a這一對基因來說，四分體的排列若成為（ ， ，a，a）或者（a，a， ， ）的，則為第一次分裂分離，若成為（ ，a， ，a），（a， ，a， ），（ 、a，a， ），（a， ， ，a），則為第二次分裂分離。第二次分裂分離是由于該基因和著絲粒之間的重組而產生的。因此該基因的著絲粒距離可以以第二次分裂分離的子囊出現率（％）的1／2進行計算。即使在四分體不是成直線排列的鏈孢菌中，如果用緊貼著絲粒的基因（著絲粒標記centromere marker）時，那么四型的出現頻率就成為第二次分裂分離的頻率，并決定著絲粒距離，另外已知在未靠近著絲粒的適當基因的情況下，還有一種大概計算著絲粒距離的方法。
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