有機質肥料如果能夠自行制造，是最符合經濟成本，然而實際執行卻不太容易。比較市場售價的有機質肥料，以菜籽粕、花生粕等高含氮量的植物性有機質肥料，較符合經濟成本。

菜籽粕是中部地區水稻有機栽培使用的主要有機質肥料，其氮：磷酐：氯化鉀的比率為5.3：2.3：1.3。菜籽粕是未經腐熟的有機質肥料，因此其施用量及施用適期應特別注意。菜籽粕應用在水稻栽培，其推薦量每公頃為4,000公斤，1/2當基肥使用，約于整地前10天施用，不但可以避免插秧后，因菜籽粕發酵產生的高溫對水稻生長產生危害，并可適時及適量提供水稻生長所須的營養元素；1/4作為追肥，適時適量補充水稻營養生長期間肥分的吸收，此時水稻的根系及地上部已經生長非常旺盛，不懼菜籽粕發酵產生的高溫危害；1/4作為穗肥使用，一般的水稻栽培，穗肥在幼穗形成約0.2公分時施用最為適當，但施用有機質肥料因需要時間進行礦化作用，才能釋放出營養成分，因此建議一期作約在幼穗形成前約8~10天，二期作約在幼穗形成前約6~8天施用最為適當。

有機質肥料應避免在幼穗形成期后再施用，以免在因谷粒充實期間，有過量的氮素供應，不僅使稻株容易倒伏，亦會提高谷粒中的粗蛋白質含量，不利于稻米品質的提升。