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培養基可按處方配制，也可使用按處方生產的符合規定的脫水培養基，或直接采用商品化的預制培養基。
在制備培養基時，應選擇質量符合要求的脫水培養基或單獨配方組分進行配制。脫水培養基應附有處方和使用說明，配制時應按使用說明上的要求操作以確保培養基的質量符合要求，不得使用結塊、顏色發生變化或其他物理性狀明顯改變的脫水培養基。對于已開封的脫水培養基應盡快使用，如果不能及時用完，可以進行存放效期驗證，確認最長存放周期。脫水培養基或單獨配方組分應在適當的條件下貯藏，如建議按照使用說明書上的要求進行貯藏，如低溫、干燥和避光，所有的容器應密封，尤其是盛放脫水培養基的容器。為保證培養基質量的穩定可靠，各脫水培養基或各配方組分應準確稱量，并要求有一定的精確度。配制培養基最常用的溶劑是純化水，特殊情況下，可能需要用去離子水和蒸餾水。應記錄各稱量物的重量和水的使用量。
脫水培養基應完全溶解于水中，再分裝與滅菌。配制時若需要加熱助溶，應注意不要過度加熱，以避免培養基顏色變深。如需要添加其他組分時，加入后應充分混勻。應按照生產商提供或使用者驗證的參數進行培養基的滅菌。商品化的預制培養基必須附有所用滅菌方法的資料。培養基滅菌一般采用濕熱滅菌技術，特殊培養基可采用薄膜過濾除菌。用于環境監測的培養基需特別防護，以防止外來污染物的影響及避免出現假陽性結果，推薦用雙層包裝和終端滅菌。
培養基滅菌后不得貯藏在蒸汽滅菌柜中，瓊脂培養基不得在0℃或0℃以下存放，因為冷凍可能破壞凝膠特性。培養基保存應防止水分流失，并在避光條件下。瓊脂平板最好現配現用，如置冰箱2~8℃保存，一般不超過1周，且應密閉包裝，若延長保存期限，保存期需經驗證確定。
固體培養基滅菌后的再融化只允許1次，以避免因過度受熱造成培養基質量下降或微生物污染。培養基的再融化一般采用水浴或流通蒸汽加熱。融化的培養基應置于45~50℃的環境中，不得超過8小時。傾注培養基時，應擦干培養基容器外表面的水分，避免容器外壁的水滴進入培養基中造成污染。
