危害評估
    所謂危害評估就是對識別出來的食品危害是否構成顯著危害進行評價。事實上，HACCP體系并不是要控制所有的食品危害，只是控制顯著危害。顯著危害控制住了，也就降低了食品危害風險系數。
    哪些危害是顯著危害？一般應從兩個方面來確定：一是發生的可能性（風險性），二是一旦控制不當會給人們帶來不可接受的健康損害（嚴重性）。在實踐中，一般是根據工作經驗、流行病學數據、客戶投訴及現有的技術資料、信息來評估危害發生的可能性；用政府部門、權威研究機構向社會公布的風險分析資料、信息來判定危害的嚴重程度。需要注意的是，在進行危害分析時必須考慮到加工企業無法控制的因素，如銷售、運輸環節及食用方式等。這些因素應在食品包裝上以適當的文字或圖形加以說明，給消費者合適的信息，防止食品在食物鏈后期發生不必要的食品危害。對某些食品還應注明合適的消費人群，由于消費群體的不同或食用方式的不同，有時可能造成危害，有時可能不構成危害，比如兒童食用果凍就曾經發生過窒息死亡事件，魚骨魚刺對成年人來說通常不是危害，但對兒童就有可能構成危害。
    食品危害的識別和分析一般由食品加工企業HACCP體系負責小組來完成，也可以聘請技術專家來指導完成。同時，HACCP體系負責小組應對歷史上發生過的一些食品安全事件加以關注，尤其是流行病的發生，以充分考慮新出現的食品危害。比如，對來自歐洲的牛肉，前幾年可能不會考慮瘋牛病帶來的危害，而現在則應將其作為顯著危害來對待。
    在危害識別、分析過程中，HACCP體系負責小組應組織人員以自由討論方式進行，集思廣益，廣開言路，盡可能發現潛在危害，防止遺漏顯著危害。