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對獲證企業的現場監督，一方面是對認證機構在獲證企業中的認證活動進行檢查驗證，以了解認證機構在整個認證活動過程中是否存在違法違規行為；另一方面是檢查獲證企業（產品）是否持續滿足認證要求，以了解獲證企業的認證符合性和有效性。因此，對企業的現場檢查分為認證活動規范性（認證機構的違法違規問題）和獲證企業符合性（獲證企業的違標違規問題）兩個主要方面：
（一）認證活動規范性檢查要點
對認證機構認證活動規范性的監督檢查應主要關注以下幾個方面：
1．查看企業是否簽訂認證協議，是否能獲得認證機構的檢查計劃，是否申請咨詢，如是，應關注咨詢機構和認證機構是否為一家機構，是否存在咨詢、認證一條龍的問題。
2．查看認證采用的標準，看是否符合相關要求。如出口到歐盟的有機產品，必須要依據歐盟標準進行認證。
3．查看審核計劃，關注審核活動是否符合相關要求，主要有以下幾個內容：
（1）如果是監督審核，查看監督審核距上次審核時間是否超過12 個月；
（2）是否召開了首末次會議、是否查看了企業現場等規范認證程序；
（3）是否存在現場審核人日偏少的問題；
（4）現場審核人員是否具有相關專業背景；
（5）現場檢查時間是否為生產季節；
（6）檢查范圍是否覆蓋了認證證書的產品范圍、場所范圍和過程范圍。
4．對于新認證的有機基地，查看是否獲得轉換期證書，關注轉換期時間是否符合相關要求。如對于一年生作物的轉換期一般不少于24 個月，多年生作物一般不少于36 個月；新開荒、長期撂荒、長期按傳統農業方式耕種的或有很充分證據證明多年未使用禁用物質的，轉換期也不應少于12 個月。
5．查看審核報告，關注審核組是否開具不符合項。對于開具的不符合項，企業是否采取了糾正措施，審核組是否對糾正措施進行了驗證。
（二）獲證企業（產品）符合性檢查要點
獲證企業（產品）符合性檢查主要包括以下幾個方面的內容：獲證企業基本情況，管理體系，作物的種植，產品收獲、運輸、貯藏和包裝，產品的標識與批號，投入品的管理，產量和銷量的核對等。
