指示菌（indicator bacteria）（或稱指標菌）是在常規衛生監測中，用以指示檢品衛生狀況及安全性的指示性微生物。常規檢驗指示菌的目的，主要是以衛生指示菌在檢品存在與否以及數量的多少為依據，對照國家衛生標準，對檢品的飲用、食用或使用的安全性做出評價。

依據目前實際應用情況可將其分為三種類型：

第一種類型的指示菌是為了評價被檢樣品的一般衛生質量、污染程度以及安全性，最常用的是菌落總數、霉菌和酵母菌數。

第二種類型是特指糞便污染的指示菌，主要指大腸桿菌和大腸菌群，其它還有腸球菌、亞硫酸鹽還原梭菌等。它們的檢出標志著檢品受過人、畜糞便的污染，而且有腸道病原微生物存在的可能性。

第三種是其它指示菌，包括某些特定環境不能檢出的菌類（如特定菌、某些致病菌、或其它指示性微生物），這些指示菌，在不同的樣品中有不同的指示意義，將在后面分別敘述。

二、指示菌的選擇標準

（一）一般衛生指示菌的選擇標準

  作為一般衛生質量和安全性評價的指示菌，依據不同的樣品有不同的目的要求，總的選擇原則是易于檢出，檢驗方法比較簡單、方便，有一定的代表性等。

（二）糞便污染指示菌的選擇標準

作為理想的糞便污染指示菌，一般認為應具備下列條件：

1．是人及溫血動物腸道正常菌群的組成部分，而且在數量上占有優勢。

2．在被人或動物糞便污染的樣品中易撿出，未被糞便污染的樣品中無此種菌存在。

3．排出體外后，在外環境中存活時間與腸道致病茵大致相似或稍長。

4．如作為飲用水的指示菌，對氯的抵抗力應不低于腸道致病菌或略強，而且進入水中不會再繁殖。

5．檢驗方法簡便，易于檢出和計數。

實際上，沒有任何一個菌種能完全滿足上述要求，但有少數細菌可以接近這些要求。