絲狀真菌的鑒定主要根據形態特征。形態特征包括群體形態和個體形態。

1. 群體形態

群體形態即菌落的形態。觀察菌落形態時多采用固定的培養基，將固體培養基制成平板，以點植法接種，即用接種針尖沾取少量孢子點植在平板上適當的位置，例如中心，或三角形的三點。然后于25－28℃培養一定時間（如2、4、7、10天）進行觀察，觀察時可用肉眼或借助放大鏡、低倍鏡、解剖鏡等。觀察的要點一般包括下列幾項：

（1）大小：它反映生長或發育速度，通常測量菌落的直徑。

（2）顏色：包括菌落表面子實體、氣生菌絲、菌核的顏色和基內的顏色，還應注意培養基顏色的變化。

（3）菌落表面的紋飾：如皺紋、輻射溝紋、同心環、整個菌落致密或疏松等。

（4）菌落的質地：即菌落外觀呈氈狀、絨毛狀、棉絮狀、粉粒狀、革質狀，有無成束狀或繩狀的氣菌絲。

（5）菌落的高度：菌落扁平或凸起，中心部分凸起或凹陷。氣生菌絲的高度。

（6）菌落的邊緣：全緣、鋸齒狀、樹枝狀等。

（7）滲出物：指菌落表面有無液滴、液滴的顏色和數量。

2. 個體形態

個體形態指菌絲的特征，子實體的形態(如孢子囊。子囊殼、子囊、擔子果等的形態)，孢子的形態（如孢囊孢子、分生孢子、芽孢子、節孢子、厚垣孢子、卵孢子、接合孢子、擔孢子等）。由于絲狀真菌的個體大都較小，必須制成載片標本在顯微鏡下觀察。絲狀真菌的制片比較簡單，通常將乳酸苯酚（Lactophenol）液一滴，滴于載片上，再用解剖針挑取欲觀察的培養物置此液滴內，并且用針尖將其分散開勿使成團，蓋好蓋片即得載片標本。這種載片可保存數月，如蓋片四周涂封漆則可保存數年。