黃瓜種子上帶有枯萎病、炭疽病、立枯病、角斑病等病原菌，因此在催芽前應該先對黃瓜種子進行表面消毒。主要方法有以下三種。

溫湯浸種：將干種子投入55℃～60℃溫水中處理約10分鐘，處理過程要不斷攪拌，之后再降溫到28℃～30℃浸種4～6小時，淘洗干凈后進行催芽。

藥劑消毒法：用有效成分0.1%的多菌靈鹽酸液浸種1小時，用清水沖洗后再用清水浸種4小時，即可浸種催芽。

種膜劑處理：有些黃瓜種子在出售時已經由制種單位用含殺菌劑和多種微量元素的種膜進行了處理，用種膜劑處理有良好的殺菌效果。經處理的種子可直接浸種催芽，也可直播。

種子經消毒處理后，撈出清洗一遍，去水甩干，用布包好，置于27℃～30℃下催芽，催芽過程中要常翻動種子，使種子承受溫度均勻，經24小時左右便開始出芽，種子露出根尖時，溫度可適當降低，維持22℃～26℃，經兩天左右可以出齊。如在發芽后恰遇陰天不能播種，則可用濕毛巾將種子包好放在冷涼處10℃左右，抑制幼芽繼續生長，這種做法叫“蹲芽”。