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秋之后，早晚和夜間要注意保溫降濕，使培養料的濕度逐漸降至40%～50%。隨著氣溫的下降，天麻箱要及時搬入室內，使天麻保持一段生長時間。收獲天麻時，濕度應以30%～35%為宜，這樣天麻在箱內長勢良好，產量也高。
天麻生長期要防止霉菌的感染。一旦在土層上或箱上有綠霉菌、赤霉菌等雜菌感染時，可輕輕噴一層波爾多液（硫酸銅、生石灰、水按1∶1∶140的比例，將1份硫酸銅和1份生石砂分別用水溶解，將硫酸銅水溶液倒入石灰乳中，攪拌均勻，加水至140份），或者輕輕噴一些0.1%濃度的甲基托布津溶液，霉菌即可被鐐死或被抑制。
要防止線蟲感染培養料。線蟲吃培養料非常嚴重，最后可使培養料變黑，影響蜜環菌和天麻的正常生長。防止辦法是盡量不用自然水噴天麻的培養料。還要在坑內或坑邊撒鼠藥消滅老鼠，同時采取措施防治螞蟻、螻蛄。
