芹菜的生理性病害有燒心、空心、葉柄開裂和缺硼癥。以上生理性病害能嚴重影響芹菜的生長，降低其產量及品質。
　　
    燒心 癥狀：開始心葉葉脈變褐、逐漸葉緣細胞壞死，呈黑褐色。在生育初期很少出現，多在11~12片真葉時開始發生。發生條件和原因：燒心在高溫、干旱、施肥過多的條件下容易發生。高溫能加快生長發育速度，促進植物對氮、鉀、鎂等元素的過量吸收，從而影響對鈣的吸收。而燒心是由缺鈣引起的。在于旱條件下，由于根系對鈣元素的吸收能力減弱，易引起植株缺鈣，越是酸性土壤則發生越重。防治方法：首先要避免高溫干旱，進行適溫適濕管理；對酸性土壤可施用生石灰調節到中性或接近中性；施氮、鉀、鎂等肥料要適量。一旦發生燒心癥狀，可用0.5%的氟化鈣或硝酸鈣溶液向葉面噴霧。
　　
    空心 癥狀：空心是一種生理老化現象，發生的部位是葉柄，是葉柄髓部位和輸導組織細胞老化，細胞液膠質化失去活力和細胞膜發生空隙。多從葉柄基部向上延伸，在同一植株上外葉先于內葉，由葉基到第一節間發生較早。葉柄空心部位呈白色絮狀，木栓化組織增長。發生條件和原因：空心在沙性大的土壤中發生較多、進度較快，肥分不足或后期脫肥時也有發生。生長過熟或過量噴施赤霉素等，土壤干旱或溫度過高或過低也易發生。防治方法：應避免在沙性過大的土壤上栽培。除施足底肥外，在生長發育過程中要及時追肥，如發現葉片顏色轉濃出現脫肥現象時，可用0.1%的尿素液肥進行根外追肥。