通過人工方法保存具有有利變異的個體和淘汰具有不利變異的個體，以改良生物的性狀和培育新品種的過程。首先由達爾文提出。他在《物種起源》和《動物和植物在家養下的變異》兩部著作中，援引大量事實說明人工選擇的原理和方法，其要點如下：一切栽培植物和飼養動物皆起源于野生的物種；生物普遍地存在著能遺傳的變異，但單靠變異還不能形成新品種，雖然有少數品種可以由顯著的變異一步形成（如安康羊、矮腳狗），但大多數品種卻是由微小變異、特別是延續性變異逐漸積累而成的；人工選擇的要素是變異、遺傳和選擇，變異是形成品種的原材料，遺傳是傳遞變異的力量，選擇則是保存和積累有利變異的手段；人工選擇包括兩個方面，一是淘汰對人沒有利的變異，二是保存對人有利的變異；人往往喜歡一些極端變異的類型，于是經過一代一代的人工選擇，就從一種祖先分化出不同的品種，這就是在家養狀況下所看到的性狀分歧；人工選擇可分無意識的選擇和有計劃的選擇，前者在古代就有了，后者主要到近代才實行。達爾文的人工選擇理論是古代和當時育種工作的總結。他舉出許多中國古代育種的成就，并給予很高的評價。他把人工選擇的原理推廣到自然界，創立“自然選擇”理論，以說明生物的進化。