1.克隆到shRNA表達載體中的shRNA包括兩個短反向重復序列，中間由一莖環（loop）序列分隔的，組成發夾結構，由polⅢ啟動子控制。隨后在連上5-6個T作為RNA聚合酶Ⅲ的轉錄終止子。

2.兩個互補的寡核苷酸兩端須帶有限制性酶切位點。

3.Stratagene發現29個寡核苷酸較之原先推薦的23個寡核苷酸可以更有效的抑制目的基因。

4.在啟動子下游的酶切位點下方緊連一個C，使插入片段和啟動子有一定空間間隔以確保轉錄的發生。

5.ShRNA目的序列的第一個堿基必須是G以確保RNA聚合酶轉錄。如果選擇的目的序列不以G開頭，必須在緊連正義鏈的上游加一個G。

6.ShRNA插入片段中的莖環應當靠近寡核苷酸的中央。不同大小和核苷酸序列的莖環都被成功的運用過。其中包含一個獨特的限制性酶切位點的莖環利于檢測帶有shRNA插入片段的克隆。在比較了眾多不同長度和序列的莖環，5'TCAAGAG3'序列最為有效。

7.5-6個T必須放置在shRNA插入片段尾部以確保RNA聚合酶III終止轉錄。

8.在正義鏈和反義鏈序列上不能出現連續3個或以上的T。這可能導致shRNA轉錄的提前終止。