單鏈DNA片段呈復雜的空間折疊構象，這種立體結構主要是由 其內部堿基配對等分子內相互作用力來維持的，當有一個堿基發生改變時，會或多或 少地影響其空間構象，使構象發生改變，空間構象有差異的單鏈DNA分子在聚丙烯酰 胺凝膠中受排阻大小不同.因此，通過非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)，可以非常 敏銳地將構象上有差異的分子分離開.作者稱該方法為單鏈構象多態性 (Single-Strand Conformation Polymorphism，SSCP)分析.在
PCR-SSCP技術，進一步提高了檢測突變方法的簡便性和靈敏性.其基本過程是:①PCR擴增靶DNA;②將特異的PCR擴增 產物變性，而后快速復性，使之成為具有一定空間結構的單鏈DNA分子;③將適量的單 鏈DNA進行非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳;④最后通過放射性自顯影、銀染或溴化乙錠顯 色分析結果.若發現單鏈DNA帶遷移率與正常對照的相比發生改變，就可以判定該鏈構 象發生改變，進而推斷該DNA片段中有堿基突變.
該方法簡便、快速、靈敏，不需要特 殊的儀器，適合臨床實驗的需要.但它也有不足之處.例如，只能作為一種突變檢測方 法，要最后確定突變的位置和類型，還需進一步測序;電泳條件要求較嚴格;另外，由 于SSCP是依據點突變引起單鏈DNA分子立體構象的改變來實現電泳分離的，這樣就可 能會出現當某些位置的點突變對單鏈DNA分子立體構象的改變不起作用或作用很小 時，再加上其他條件的影響，使聚丙烯酰胺凝膠電泳無法分辨造成漏檢.
盡管如此，該方法和其他方法相比仍有較高的檢測率.首先，它可以發現靶DNA片段中未知位置的堿 基突變.Takao，經實驗證明小于300bp的DNA片段中的單堿基突變，90%可被SSCP發 現，他認為現在知道的所有單堿基改變絕大多數可用該方法檢測出來.另外，SSCP方 法可通過聚丙烯酰胺凝膠電泳將不同遷移率的突變單鏈DNA分離，并且還可以進一步 提純.用這種方法可以最終從DNA序列水平上鑒別突變DNA片段.