生物芯片，簡單地說就是在一塊指甲大小（1cm3）的有多聚賴氨酸包被的硅片上或其它固相支持物（如玻璃片、硅片、聚丙烯膜、硝酸纖維素膜、尼龍膜等，但需經(jīng)特殊處理。作原位合成的支持物在聚合反應(yīng)前要先使其表面衍生出羥基或氨基（視所要固定的分子為核酸或寡肽而定）并與保護(hù)基建立共價連接；作點樣用的支持物為使其表面帶上正電荷以吸附帶負(fù)電荷的探針分子，通常需包被以氨基硅烷或多聚賴氨酸等）將生物分子探針（寡核苷酸片段或基因片段）以大規(guī)模陣列的形式排布，形成可與目的分子（如基因）相互作用，交行反應(yīng)的固相表面，在激光的順序激發(fā)下標(biāo)記熒光根據(jù)實際反應(yīng)情況分別呈現(xiàn)不同的熒光發(fā)射譜征，CCD相機(jī)或激光共聚焦顯微鏡根據(jù)其波長及波幅特征收集信號，作出比較和檢測，從而迅速得出所要的信息。生物芯片包括基因芯片、蛋白質(zhì)芯片、組織芯片。而基因芯片中，最成功的是DNA芯片，即將無數(shù)預(yù)先設(shè)計好的寡核苷酸或cDNA在芯片上做成點陣，與樣品中同源核酸分子雜交[3]的芯片。

基因芯片的基本原理同芯片技術(shù)中雜交測序（sequencing by hybridization, SBH）。即任何線狀的單鏈DNA或RNA序列均可被分解為一個序列固定、錯落而重疊的寡核苷酸，又稱亞序列（subsequence）。例如可把寡核苷酸序列TTAGCTCATATG分解成5個8 nt亞序列：
　　(1)　　　　　CTCATATG
　　(2)　　　　 GCTCATAT
　　(3)　　　　AGCTCATA
　　(4)　　　 TAGCTCAT
　　(5)　　　TTAGCTCA
　　這5個亞序列依次錯開一個堿基而重疊7個堿基。亞序列中A、T、C、G 4個堿基自由組合而形成的所有可能的序列共有65536種。假如只考慮完全互補(bǔ)的雜交，那么48個8 nt亞序列探針中，僅有上述5個能同靶DNA雜交。可以用人工合成的已知序列的所有可能的n體寡核苷酸探針與一個未知的熒光標(biāo)記DNA/RNA序列雜交，通過對雜交熒光信號檢測，檢出所有能與靶DNA雜交的寡核苷酸，從而推出靶DNA中的所有8 nt亞序列，最后由計算機(jī)對大量熒光信號的譜型（pattern）數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，重構(gòu)靶DNA 的互補(bǔ)寡核苷酸序列。