差異消減展示(differential subtraction display,DSD)是1998年Jose等針對差異展示的缺點而提出的改進方法。此法可顯著降低假陽性，增強重復性及敏感性，同時保持了對輕度、中等程度改變的(up- or down-regulation)RNA的識別。它的最大改進是：在DDRT-PCR呈現出差異條帶之后，克隆差異條帶之前，先對PCR擴增產物進行消減雜交，即在回收目的方差異條帶的同時，回收對照方相應范圍的條帶。回收的差異條帶用非生物素標記的引物與dNTP進行PCR擴增，而對照方回收的產物用含生物素標記的dATP的dNTP進行PCR擴增，其PCR產物進行消減雜交，用鏈親和素-生物素磁珠分離系統去除雜交產物，剩下的產物由帶有α-32P dATP的dNTP進行擴增，可重復差異展示，增加差異條帶的特異性。實驗證明，消減雜交使得輕度、中等程度改變的差異表達基因都能夠保留下來，而假陽性產物被去除。其它方面的改進是：① 使用標準的oligo (dT)起始mRNA(不用總RNA)反轉錄合成cDNA。② 重復性好的雙引物擴增所需的cDNA范圍很小，摸索合適的cDNA量對重復性很重要。③ 錨定引物具有擴增優勢，為了克服這種優勢，增加隨機引物的濃度后發現，隨著隨機引物濃度的增加，呈現出的條帶數顯著減少，這就是引物相互干擾，其原因可能有二：一方面5′端10bp的隨機引物不受mRNA 3′端限制，只是提供總的擴增容量；另一方面，mRNA 3′端非翻譯區包含AT富集區，使得錨定引物更易結合mRNA 3′端。因此，設計新的增強特異性及靈敏性的錨定引物更加必要。實驗證實，使用T12VNN(V=A、C or G;N=A、C、G or T)錨定引物比常規的T12VN錨定引物能呈現出更大量的差異條帶，而且具有更強的特異性及靈敏性，T12AA、T12AT、T12CT、T12GT不能產生清晰的差異條帶，只能出現smear現象，應避免使用。④ 循環次數太多，引物消耗完后常導致高分子量smear現象。這主要原因是：PCR產物的3′-OH端相互退火，導致PCR循環期間產物末端被延伸或隨意終止，因此摸索最佳循環次數及退火溫度對消除假陽性更具有意義。此技術最大的優勢是獲得的差異條帶在RNA印跡上重現性好，保持了中等程度改變的差異表達基因的呈現與克隆。特別是長距離PCR擴增技術的運用，使得此技術有可能成為目前篩選差異表達基因最有效的技術。它的唯一不足是步驟繁瑣、工作量大。