一、預凍
樣品盤或西林瓶盛裝的液態樣品需放在超低溫冰箱中預凍。預凍溫度取決于所做樣品的冰點，Tpre-freezing Tfreezing point -10℃。如果冰點未知，應在-40℃下冷凍2小時以上。最好過夜。
有兩種冷凍方式：
1.靜態冷凍：將樣品盤或西林瓶放在擱板上，擱板與樣品應同時放在超低溫冰箱中預凍。
2.旋轉冷凍：圓底燒瓶或桶形凍干瓶盛裝的液態樣品需放在旋凍器或液氮中旋轉冷凍，直至樣品均勻地涂布在凍干瓶表面。
注意：以上兩種冷凍方式，樣品厚度均不能超過1cm。
二、準備儀器及使用儀器
操作順序：
1.先打開真空泵，預熱約20～30分鐘；關閉泵。
2.打開主機電源開關，觀察控制器上的冷凝室溫度顯示，當冷凝室內的溫度降至-40℃以下時，將預凍好的樣品和擱板從超低溫冰箱中取出，放在干燥室內。
3.檢查所有的外掛瓶閥，確認其處于關閉狀態（大頭向上）。
4.檢查儀器右側的放水閥，確認其處于關閉狀態。
5.打開真空泵，使系統開始抽真空。觀察控制器上的真空值顯示，當真空值降至0.1mbar以下時，主干燥開始。
外掛瓶操作的注意事項：
1.只有當真空值降至0.1mbar以下時，才可掛外掛瓶。
2.將預凍好樣品的凍干瓶頂在閥口，將橡膠閥非常緩慢地旋至開啟狀態（大頭向下），確定瓶被吸牢后，外掛瓶掛好。
干燥時間應根據樣品種類的不同及干燥條件的不同，控制在12～24小時左右。
三、結束實驗及關閉儀器
關閉儀器順序：
1.先卸外掛瓶：將橡膠閥緩慢地旋至關閉狀態（大頭向上），待放氣聲完全停止后，再拆下外掛瓶。
2.外掛瓶全部卸完后，關閉真空泵。
3. 從任一橡膠閥口非常緩慢地向開啟方向旋轉閥門，聽到輕微放氣聲時，停止等待氣體進入. 觀察控制器上的真空值顯示，當真空值顯示在200mbar以上時，可稍微增大放氣量.直至與外界大氣壓平衡時，將全部閥門打開。
4.關閉主機，移走罩子（注意：一定要將罩子反放在墊子上），取出樣品。
5. 實驗結束后，必須要對冷凝室進行除霜，用干凈的布擦凈腔內的水分，保持腔體內清潔；從主機側板上拉出排水管，接好容器，打開放水閥，將除霜水放凈，關閉放水閥。
四、特別注意
1.罩子的下密封表面一定要保護好，千萬不可碰傷，移走罩子時一定要將罩子反放在墊子上。長期不用時，應將罩子反放在墊子上。
2.掛上一個外掛瓶以后，應等待干燥腔內真空值穩定后，再掛下一個外掛瓶，以防止腔內氣壓升高導致樣品融化。
3.真空泵的氣體平衡閥的使用：準備掛外掛瓶時，將氣體平衡閥關閉，以提高真空度，防止樣品融化；當主干燥開始后，應打開氣體平衡閥，將從樣品中抽出的水分放走；待主干燥結束后，應關閉氣體平衡閥，提高真空度并減少泵油流失。
4.真空泵正常的工作溫度為60度左右，摸上去有點燙手。