主要區(qū)別在于認(rèn)證依據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)不同。
    1、這些標(biāo)準(zhǔn)的主要區(qū)別在農(nóng)藥化肥使用量不同，簡單說就是有機產(chǎn)品中禁止使用人工合成的化肥、激素和農(nóng)藥，綠色食品要減少使用農(nóng)藥和化肥，獲得無公害認(rèn)證的產(chǎn)品不使用國家禁止使用的農(nóng)藥和化肥。
    2、對基因工程和輻射技術(shù)的要求：有機食品不允許使用基因工程技術(shù)和輻射技術(shù)；其它食品則允許有限使用這些物質(zhì)，并且不禁止使用基因工程技術(shù)。如綠色食品對基因工程技術(shù)和輻射技術(shù)的使用就未作規(guī)定。
    3、認(rèn)證標(biāo)志不一樣：有機食品分為：有機食品和有機轉(zhuǎn)換食品。綠色食品分為：a級、aa級。而無公害食品不分類。
    4、無公害產(chǎn)品主要以初級產(chǎn)品為主，如豬肉、雞蛋、大米、蔬菜、水果、魚類產(chǎn)品等未經(jīng)加工產(chǎn)品；綠色食品中加工產(chǎn)品較多，如牛奶及奶制品、葡萄酒、飲料、蔬菜、水果及初加工品、肉制品；有機食品則以蔬菜、水果、茶葉、蜂蜜為主。
 總體而言：純天然的程度和質(zhì)量等級：有機食品最好，其次是綠色食品。