世界上第一種轉基因食品是1993年投放美國市場的西紅柿。至今才短短幾年，動物來源的、植物來源的和微生物來源的轉基因食品發展非常迅速，各種類型轉基因食品應運而生。盡管至今尚無人給轉基因食品進行分類，但按慣例，按轉基因的功能是可以對其分類的。到目前為止，大致可以分成以下幾種類型：
(1)增產型。農作物增產與其生長分化、肥料、抗逆、抗蟲害等因素密切相關，故可轉移或修飾相關的基因達到增產效果。
(2)控熟型。通過轉移或修飾與控制成熟期有關的基因可以使轉基因生物成熟期延遲或提前，以適應市場需求。最典型的例子是延熟速度慢，不易腐爛，好貯存。
(3)高營養型。許多糧食作物缺少人體必需的氨基酸，為了改變這種狀況，可以從改造種子貯藏蛋白質基因入手，使其表達的蛋白質具有合理的氨基酸組成。現已培育成功的有轉基因玉米、土豆和菜豆等。
(4)保健型。通過轉移病原體抗原基因或毒素基因至糧食作物或果樹中，人們吃了這些糧食和水果，相當于在補充營養的同時服用了疫苗，起到預防疾病的作用。有的轉基因食物可防止動脈粥樣硬化和骨質疏松。一些防病因子也可由轉基因牛羊奶得到。
(5)新品種型。通過不同品種間的基因重組可形成新品種，由其獲得的轉基因食品可能在品質、口味和色香方面具有新的特點。
(6)加工型。由轉基因產物作原料加工制成，花樣最為繁多。