利用EST作為標記所構建的分子遺傳圖譜被稱為轉錄圖譜。通過從cDNA文庫中隨機條區的克隆進行測序所獲得的部分 cDNA的5＇或3＇端序列稱為表達序列標簽(EST)，一般長300～500bp左右。一般說，mRNA的3＇ 端非翻譯區(3＇-UTR)是代表每個基因的比較特異的序列，將對應于3＇-UTR的EST序列進行RH定位，即可構成由基因組成的STS圖。截止到1998年12月底，在美國國家生物技術信息中心(NCBI)數據庫中分布的植物EST的數目總和已達幾萬條，所測定的人基因組的EST達180萬條以上。這些EST　不僅為基因組遺傳圖譜的構建提供了大量的分子標記，而且來自不同組織和器官的EST也為基因的功能研究提供了有價值的信息。此外，EST計劃還為基因的鑒定提供了候選基因(cand　idantes)。其不足之處在于通過隨機測序有時難以獲得那些低豐度表達的基因和那些在特殊環境條件下(如生物脅迫和非生物脅迫)誘導表達的基因。因此，為了彌補EST計劃的不足，必須開展基因組測序。通過分析基因組序列能夠獲得基因組結構的完整信息，如基因在染色體上的排列順序，基因間的間隔區結構，啟動子的結構以及內含子的分布等。