微生物飼料主要有單細胞蛋白和菌體蛋白飼料、發酵糖化飼料及秸稈微生物發酵飼料等。單細胞蛋白和菌體蛋白飼料是利用微生物生長繁殖快，蛋白含量高，利用有機廢物來生產蛋白飼料。由我國于1984年3月20日發現的可利用薯類薯渣等粗淀粉的混生配伍菌株生產菌體蛋白飼料，簡稱4320菌體蛋白飼料，我國又相繼選育出在檸檬渣、甜菜渣、豆渣、酒糟和玉米渣等工業廢渣上生長良好的混生配伍菌株，用來生產4320系列菌體蛋白飼料。發酵飼料是利用各種有益微生物，把秸稈類粗飼料加工成營養豐富適口性好的飼料。微生物飼料添加劑也屬微生物飼料類，主要有酶制劑、真菌添加劑、維生素類、抗生素類、氨基酸類、活微生物等。通過生物發酵工程制取的微生物及代謝物、轉化物作伺料，正廣泛應用于畜牧業生產中。