親本數目不一，使用先后不同來配制雜交組合的方式。講求雜交方式之意義在于創造符合育種目標的變異群體，加大選獲期望重組體(組合)的可能性。常用的有單交、三交、雙交、回交等方式。用兩個以上親本雜交通稱多交或復合雜交。

單交 A/B(/表示第一次雜交)，兩個親本進行一次雜交，也稱成對雜交，是最簡單的雜交方式。單交有正交和反交之分。A/B為正交，則B/A為反交，反之也然。

三交 A/B//C或A//B/C(//表示第二次雜交)，一般在兩個親本不具備育種目標所要求的全部性狀時需要啟用第三個親本，配置成三交組合。應把綜合性狀較好的產量親本作為第二次雜交親本使用。

雙交 典型的雙交包括四個親本，A/B//C/D。雙交可以把更多的目標性狀集中到一個群體中去，在育種目標要求性狀較多時應用。三親本雙交A/C//B/C與三交相似之處是三個親本A、B、C所占的遺傳劑量在理論上與典型的三交相同；三親本雙交F1群體內個體間的差異比典型三交F1群體為大，更有利于選擇。

循序雜交 是一種不斷引用新親本的復合雜交，如A/B//C/B/3/D/4/E……(//中的數字表示第若干次雜交)，目的在于不斷修正已配制組合的缺點。要求每一親本的綜合性狀水平都較高，否則不易收到預期效果。

復合雜交 從F1代起性狀即發生分離，宜從F1代開始選擇，而不像單交那樣從F2代開始；由于牽涉到的性狀較多，變異范圍廣，其F1代群體必須保持一定規模，才有可能選出合乎要求的后代，因此要多作些雜交稻。應根據性狀分離的顯隱性關系合理掌握選擇強度，一般可適當多選些單株，中選的單株后代群體也需適當擴大。與單交相比，復交后代群體變異范圍大、種類多，有可能選到具有符合更多目標性狀的重組體。在進行第三次以上的雜交時，父母本之一或雙方都在分離，要求較準確地選擇優良單株進行雜交。