這類蛋白因子往往含有幾個相同的指結構, 每一個指結構具有以下的保守序列: Cys-X2-4-Cys-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-His。這段保守序列中的兩個半胱氨酸殘基和兩個組氨酸殘基與鋅離子形成配位鍵, 形成環, 因此稱為鋅指, 上述具有Cys和His的指結構稱為Cys2/His2指。每個指結構有23個氨基酸殘基, 指結構之間的距離為7～8個氨基酸殘基。

另一類指結構是Cys2/Cys2的鋅指結構, 指結構中保守序列是:Cys-X2-Cys-X13-Cys-X2-Cys。