攜帶決定細胞分化方向相關信息的可擴散的物質。形態發生素是以連續的濃度梯度分布的，因而形成各種濃度閾值，細胞根據所處環境的形態發生素的濃度閾值決定分化方向。形態發生素是決定細胞發育的基因表達產物，如果蠅中的合子基因。