原腸胚是由囊胚細胞遷移、轉變形成的，它由三層細胞層構成：外胚層(ectoderm)、中胚層(mesoderm)、內胚層(endoderm)。外胚層和內胚層最終形成組織的鞘，即上皮(epithelia),覆蓋在器官的外表面和內表面。外胚層形成上皮覆蓋在外表面(皮膚和腺體)，以及中性組織；內胚層分化成的上皮覆蓋在組織的內表面（胃腸和相關的腺體）；中胚層最終發育成擴散的海綿網狀間充質細胞（mesenchyme cell），這些細胞形成支持細胞，如肌肉、軟骨、骨、血和結締組織。在原腸胚中形成的新的細胞關系，激發了細胞;細胞相互作用、代謝的變化、細胞的移動，最終形成組織和器官。